朝日新聞が3月2日付の朝刊で、学校法人「森友学園」への国有地売却をめぐり、財務省が取引の決裁文書を書き換えた疑いがあると報道した。財務省は6日、参院予算委の理事会で「大阪地検の捜査対象になっており、すべての文書を直ちに確認できない」などとする省内調査の状況を報告。野党側は「ゼロ回答だ」と強く反発、国会は空転した。

　これには与党内でも財務省への批判が高まり、自民党の二階俊博幹事長は記者会見で、財務省の説明について苦言を呈した。

　7日には二階氏と公明党の井上義久幹事長が都内で会談し、財務省に調査結果を８日までに国会へ報告するよう求めることを確認。二階氏が西村康稔官房副長官を通じて政府に速やかな対応をするよう申し入れた。
　これらの動きを受け、財務省は８日朝の参院予算委員会理事会に大阪地検に提出した決裁文書の「写し」を提出。しかし写しはすでに国会議員に開示した決裁文書とチェックマーク以外は同じ記載内容だった。これについて野党側は決裁文書が今回提出されたものだけかどうかの確認を求めたが、財務省側が「調査は継続中」などと繰り返すにとどめたため、民進、共産、立憲、自由、社民各党は集中審議への出席を見送った。