猿と人類の全面戦争が勃発してから2年後。シーザー率いる猿の群れは森の奥深くに築いた砦で身を潜めていた。ある夜、奇襲を受け妻と長男を失ったシーザーは、冷酷な人間のリーダー、大佐へ復讐するためわずかな仲間とともに旅に出る。